ÖZ

Amaç

Endometriozis, üreme çağındaki kadınların önemli bir kısmını etkileyen, kronik ve östrojene bağımlı enflamatuvar  bir hastalıktır. Hastalığın patofizyolojisi tam olarak aydınlatılamamış olmakla birlikte, genetik ve hormonal faktörlerin önemli rol oynadığı düşünülmektedir. Bu bağlamda özellikle dikkat çeken iki gen, östrojen sinyal iletimi ve hücre proliferasyonu açısından kritik olan Östrojen Reseptörü 1 (ESR1) ve Meme Kanserinde Östrojenle Düzenlenen Büyüme Geni 1’dir (GREB1). Bu çalışma, in silico bir yaklaşımla ESR1 ve GREB1 genlerindeki anlamsal (missense) Tek Nükleotid Polimorfizmlerinin (SNP’ler) endometriozis patogenezine olası katkısını araştırmayı amaçlamıştır.

Gereç ve Yöntemler

ESR1 ve GREB1 genlerindeki anlamsal varyantları belirlemek için Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi ve Tek Nükleotid Polimorfizmi Veri Tabanı gibi halka açık veri tabanları kullanılmıştır. Her bir varyantın fonksiyonel etkisi; Tolere Edilemeyen Değişiklikleri Ayırma Aracı, Polimorfizm Fenotipleme Aracı, Versiyon 2, Protein Varyasyonu Etki Analizörü, SNPs ve Gen Ontolojisi Aracı, Evrimsel İlişkiler Üzerinden Protein Analizi ve PredictSNP olmak üzere altı farklı biyoinformatik aracıyla tahmin edilmiştir. Protein-protein etkileşim ağları etkileşimli gen/proteinleri bulma aracı ve gen çoklu ilişki ağlarını entegre etme algoritması platformları aracılığıyla oluşturulmuş, hastalık ve yolak ilişkileri Kyoto genler ve genomlar ansiklopedisi ve DISEASES veri tabanı kullanılarak analiz edilmiştir.

Bulgular

ESR1’nin, östrojen sinyal yolaklarında merkezi bir düğüm olduğu ve GREB1 ile diğer hormonla düzenlenen genlerle güçlü etkileşimler gösterdiği tespit edilmiştir. Her iki gendeki bazı SNP’ler, tüm tahmin araçlarında tutarlı şekilde zararlı olarak sınıflandırılmıştır. Hastalık zenginleştirme analizleri, bu genleri endometriozis ile birlikte meme ve over kanseri gibi diğer östrojen duyarlı hastalıklarla da ilişkilendirmiştir.

Sonuç

Bu çalışma, ESR1 ve GREB1 genlerindeki potansiyel yüksek riskli varyantları ortaya koymuş ve bu genlerin östrojenle düzenlenen temel yolaklardaki rolüne dikkat çekmiştir. Bulgular, genetik varyasyonların endometriozisin moleküler patogenezindeki rolünü desteklemekte ve ileri deneysel doğrulama çalışmaları için bir temel oluşturmaktadır.